닌자의 세계뿐 아니라 바깥 세계마저도 지배할 수 있다는 비술 '삼라만상'. 그 비술을 몸 속에 봉인하고 있는 미하루는 아이라고 하기엔 너무나도 주변에 무관심한 중학생이다. 그런 미하루의 몸 속에 잠들어 있던 삼라만상이 깨어나면서 전국의 모든 닌자들이 그를 향해 덤벼들기 시작한다. 부모님과 관련된 슬픈 과거가 있는 미하루와 그의 어린 시절과 연관된 듯 보이는 쿠모히라 선생님, 그리고 미하루를 차지하기 위해 집결하는 이가의 닌자들. 미하루를 지키려는 자들과 그를 빼앗으려는 자들이 서로 격돌하기 시작하는데...